In loco qui dicitur Bonagiae" nel 1167 sorgeva la chiesa "Omnium Sanctorum e San Placido" alla quale il normanno Guglielmo II concesse un reale "privilegio"; non molto dopo, però, la contrada cominciò a identificarsi con l'attività che da sempre l'ha resa famosa, la pesca del tonno: "contrata Tonnarie Bonachie" viene chiamata infatti in un atto del notaio ericino Maiorana (anno 1298). E' indubbio che la storia, l'economia e la cultura del paese coincidano con quella della tonnara, e più in generale con le attività marinare che qui da sempre si coltivano, anche se per secoli questa terra è stata volgarmente chiamata "maremma".

Alla fine dell'800 Giuseppe Polizzi nei suoi "Ricordi trapanesi" celebra la generosità del mare di Bonagia "ricco di pesci a causa della sinuosità ch'esso (il golfo) offre e della fertilità del suo fondo e quei pescatori ne somministrano largamente a prezzi modesti a tutta quella popolosa campagna"; Polizzi descrive anche i pesci che qui si catturano con maggiore frequenza: "acciughe, murene, ragoste, cefali, gronghi, lucci, orate, orfi, pesci di re e simili" ma non trascura le catture più importanti, "quelle altre del tonno, dell'amia (alalonga), della palamita, del pesce spada, costituiscono una ricca e speciale industria agli armatori di tonnare ...".
Il monumento architettonico più pregiato di Bonagia appartiene ancora una volta alla storia della tonnara: si tratta della torre secentesca che venne ricostruita nel 1626 dopo la distruzione della prima struttura ad opera dei pirati barbareschi (1624).

Legato al mare è anche l'antico culto di Sant'Antonino, protettore dei tonnaroti, la cui statua, conservata nella cappella della tonnara, ogni anno in occasione della "tredicina" veniva portata in processione sulle barche a mare, e a spalla per le strade della contrada, per propiziare una buona pesca. Per qualche tempo, intorno agli anni '20, la cappella della tonnara assieme a S. Antonino ospitò anche un Crocifisso che l'allora rais Saroro Renda salvò dall'ira di un fedele deluso per un mancato miracolo. Oggi il Crocifisso (opera di un anonimo artigiano del 1600) si trova in una teca all'esterno del baglio della tonnara, ed è venerato dai pescatori che non gli fanno mai mancare i fiori; il giorno dell'Ascensione tutta Bonagia lo festeggia, avendolo eletto copatrono (il patrono è S. Alberto).

(Da "L'ultima muciara. Storia della tonnara di Bonagia", Giuseppe Maurici editore)